1. Метод Гиллеспи ограничен тем, что он основан на предположении о хорошо перемешанной системе, что означает, что все частицы имеют равный доступ ко всем другим частицам в системе. Это предположение часто недействительно во многих биологических системах, например, содержащих пространственные или структурные компоненты.
2. Метод Гиллеспи также ограничен своим предположением о дискретности состояний и событий. Это означает, что предполагается, что система существует только в ограниченном количестве состояний, и что переходы между этими состояниями могут происходить только в виде дискретных событий. Это не позволяет непрерывно варьировать состояния, что часто необходимо в биологических системах.